Mälardalens Studentkår inledde 1990-talet med att etablera arbetsmarknadsmässan Högvarv 1990. Under mässan ligger allt fokus på att knyta kontakter mellan studenter och arbetsliv. Än idag är Högvarv en av studentkårens mest populära evenemang och lockar årligen till sig cirka femtio företag som vill komma i kontakt med framtidens arbetskraft. Dessutom ger det den karriärsugna studenter möjligheten att skapa sin framtid redan under studietiden. Under 1990-talet anordnade studentkåren varje år även ett annat storslaget evenemang vid namn Kårståget. Stafetten som bestod av momenten cykling, paddling och löpning sträckte sig mellan Västerås och Eskilstuna. När tävlingen var som störst lockade den till sig cirka 600 personer som antingen tävlade eller deltog som funktionärer. Under en lång tid hade studentkåren enbart halvtidsarvoderade på de olika posterna,  detta förändrades under nittiotalets andra hälft när flertal arvoderade gick över till att arbeta heltid. Förändringar skedde dessutom inom studentkårens utbildningsbevakning som gick från att ha varit uppdelad i HSV (Humaniora/Samhällsvetenskap/Vård) och NT (Naturvetenskap/Teknik) till att skötas av en och samma styrelsemedlem. Studentkåren hade länge svårt att etablera sin verksamhet på de mindre orterna. 1997 löstes problemet genom att högskolan lade ner samtliga filialer för att fokusera på de två orterna Eskilstuna och Västerås. 1997 avskaffade även studentkåren sina stormöten som fram till dess varit det högst beslutande organet – istället inrättades kårfullmäktige som finns än idag. I samband med att högskolan införde akademier (HVV, UKK, EST och IDT) anpassades även studentkårens kårfullmäktige och kårstyrelse för att på ett optimalt sätt uppnå en jämn fördelning i akademiernas inflytande i studentkårens verksamhet. Under 1997 stod det nya kårhuset i Västerås klart som hade tagit fyra år att förverkliga. Fram till mitten av nittiotalet befann sig högskolans lokaler i Västerås inne i centrum, där Växhuset idag har sina lokaler. Även kårhuset hade fram till denna tidpunkt haft sina lokaler i centrum på Kopparbergsvägen 13. Det hade länge diskuterats kring ett nytt kårhus, då de dåvarande lokalerna ansågs vara för små, och när högskolan flyttade från centrum valde således studentkåren att bygga ett nytt kårhus på campus. Det är detta kårhus, kårhuset G6, som används av studentkåren än idag. 1997 var tråkigt nog det sista året som Kårståget arrangerades. Ungefär samtidigt som det nya kårhuset i Västerås byggdes började studentkåren att leta efter en ny byggnad för kårhuset i Eskilstuna eftersom det ansågs att studentkåren även där hade behov av större lokaler. I Eskilstuna invigdes det nya kårhuset i Studenternas hus 1999 i samband med studentkårens tjugoårsjubileum. Efter en omröstning bland medlemmarna anslöt sig Mälardalens Studentkår till studenternas centralorganisation Sveriges förenade studentkårer (SFS) 1999. Samtidigt anslöt sig studentkåren även till OSS, som är ett nätverk inom SFS bestående av små och medelstora studentkårer. Studentkåren har sedan anslutningen stått värd för en höstkonferens för SFS och två OSS-träffar.

E4:an bildades som en sammanslutning mellan Mälardalens Studentkår, Södertörns studentkår, Malmös studentkår och Jönköpings studentkår i början av 2000-talet. Huvudtanken med samarbetet var för studentkårerna att träffas varje termin och utbyta idéer, tankar och erfarenheter inför SFS fullmäktige som arrangeras varje år. Detta i syfte att skapa konsensus och därigenom få större inflytande på nationell nivå. Hösten 2000 anordnades för första gången evenemanget Studentolympiaden. Tävlingen, som förekommer än idag, riktar sig till nya studenter vid högskolan. Tävlingen bygger på diverse lekar inne i Västerås centrum. Målet med tillställningen är att knyta långsiktiga kontakter och få igång ett gott utbyte mellan studenter, samhälle och näringsliv. Hösten 2006 anordnades Studentolympiaden för första gången även i Eskilstuna och var där ett årligt återkommande evenemang fram till 2009. Under 2008 fick studentkåren nya lokaler i Eskilstuna som låg i närmre anslutning till högskolans byggnader. Bygget, som var en ombyggnation av en gammal byggnad, drogs igång i oktober 2007 och färdigställdes under sommaren 2008. I de lokalerna bedrevs studentrestaurangen Dekår som hade både dags- och kvällsverksamhet. I samband med detta flyttade studentkårens kontor till det så kallade ”Q-huset”, där vi hade kontor fram till 2021. På grund av ekonomiska svårigheter lades dessvärre verksamheten ner 2010.

I samband med kårobligatoriets avskaffande 2010 och de ekonomiska konsekvenser som följde med avskaffandet omarbetades studentkårens organisation och flertalet arvoderade uppdrag försvann. Således togs även organisationsstrukturen med utskott bort. 2010 ersattes Studentolympiaden i Eskilstuna av Kvällsuppdraget. Tävlingen är ett årligt återkommande evenemang som anordnas av studentkåren för de nya studenterna vid Mälardalens universitet. Evenemanget består av en lagtävling där de nya studenterna tillsammans med sina linjeföreningar tävlar om att ta sig runt en rad stationer på snabbast tid. Syftet är att skapa gemenskap mellan de studenter som läser samma utbildning och välkomna dem till Eskilstuna. Under tiden som studenterna tävlar hinner de dessutom lära känna centrumkärnan. Kvällen avslutas vanligtvis med en pubkväll på någon av krogarna i Eskilstuna. Eskilstuna och Västerås blev utsedda till Årets studentstad av SFS 2012. Motiveringen till beslutet var det enastående samarbete som bedrevs mellan högskolan, kommunerna och studentkåren. Den tredje till femte maj 2013 stod studentkåren värd för SFS fullmäktigemöte med cirka 300 kårrepresentanter från hela landet. Studentkåren var även en av fem studentkårer i Sverige som 2013 valdes till att driva projektet ”Så funkar det”. Projektet handlade om tillgänglighet av såväl fysisk miljö som information i kårvärlden. För genomförandet av projektet blev Mälardalens Studentkår belönad med Wahlénska priset – ett pris som SFS kansli årligen delar ut till de som varit ett stort stöd för dem. Våren 2015 ingick Mälardalens Studentkår tillsammans med nio andra studentkårer och nationer i ett ytterligare projekt vid namn ”Bästa festen”. Projektet är ett initiativ taget av SFS och IQ och syftar till att skapa ett studentliv där alkohol kan finnas med men inte står i fokus. 2015 anslöt sig även Gefle Studentkår till E4:an.